Der Zweck des Endocite Vereins ist es, die Nutzung von textverarbeitenden Computer-basierten Algorithmen zu fördern, welche beim Abgleichen und Generieren von Texten und zur Suche von Literatur, insbesondere der wissenschaftlichen, dienlich sind. Der Verein betreibt ein kaufmännisches Gewerbe indem er Dokumentdatenbanken und Text verarbeitende Systeme erstellt und betreibt, sowie Schulungen anbietet.
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